小智在电影中对战过的游戏男主角。
动画中主角的神奇宝贝通常是没有绰号的；可能是为了避免对神奇宝贝了解较浅的观众造成混淆。
神奇宝贝动画最最早计划是只播出一年半（18个月），后来因为动画持续的高人气而决定一直制作下去。
神奇宝贝动画为了让剧集能够贯穿游戏版本的生命周期，常会在主线的道馆战剧情之间填充大量其它剧情，导致小智一行人旅行时经常
出现几十集都走不到下一个城市的现象，如切锋市到滨海市间隔了52集。
为了同样目的，也会经常设定几个挑战道馆首次失败的情节，如关都的金黄道馆、城都的满金道馆等等。
神奇宝贝剧集中偶尔会出现一些自然和人为灾害事故的场面，而在现实世界发生了一些重大灾害之后，怕造成心理不良影响等的原因，
某些在敏感时期播放的剧集会出现缺集或停播延播情况，目前为止已经有3集因此无限期延期播送，6集延迟播放。其中停播最久的一次是
神奇宝贝无印篇的3D龙事件，导致动画停播4个月；对剧情影响最严重的一次是神奇宝贝超级愿望系列因为东日本大地震的停播，导致剧
本大幅度改动，整部动画的剧情走向发生改变。
神奇宝贝DP钻石与珍珠系列是唯一没有出现延期或缺期的系列。
在神奇宝贝动画系列中，总会出现下一世代才会出现的神奇宝贝。
不算上电影版，神奇宝贝DP钻石与珍珠系列是唯一没有出现下一世代才会出现的神奇宝贝的动画系列。
有若干则因为动画的世界观而衍生出来的都市传说：例如“幻之电影版与动画早期世界观”、“永远10岁的小智”、“小智的爸爸”等
。
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